Polska obecnie stosuje około 60 instrumentów finansowego wsparcia publicznego przeznaczonych bezpośrednio lub pośrednio na rozwój innowacji oraz badań i rozwoju w przedsiębiorstwach. Są to przede wszystkim fundusze z Polskiej Agencji Rozwoju Przedsiębiorczości (PARP), która dysponuje środkami unijnymi z Programu Operacyjnego Innowacyjna Gospodarka (POIG), środkami własnymi oraz środkami budżetowymi. Kolejnym dysponentem jest Narodowe Centrum Badań i Rozwoju (NCBR), które wspiera politykę naukową naukowo-techniczną i innowacyjną państwa. W ramach samorządów wsparcia na innowacje mogą udzielać urzędy marszałkowskie ze środków Regionalnych Programów Operacyjnych.
Kontrola NIK dotyczyła lat 2011-2016. Izba objęła kontrolą 13 programów pomocowych, w tym 4 Regionalne Programy Operacyjne w województwach: mazowieckim, śląskim, warmińsko-mazurskim oraz lubelskim. Kontrolą objęto 34 jednostki, m. in: PARP, NCBR oraz 4 urzędy marszałkowskie oraz 24 przedsiębiorców. Przedsiębiorcy te otrzymali łącznie 15 mld zł pomocy. Sprawdzono realizację kilkudziesięciu projektów, zarówno od strony dysponentów, jak i beneficjentów pomocy, o wartości odpowiednio: 426 mln i 896 mln PLN.
System dofinansowywania projektów dotyczących wdrożenia innowacji oraz wyników prac B+R do działalności gospodarczej firm nie był spójnym mechanizmem interwencji państwa. Realizowane programy nie były komplementarne. Dodatkowo w ramach poszczególnych programów występowała niespójność między celami danego programu, a kryteriami wyboru projektów do dofinansowania. Np. zdefiniowanie innowacji w poszczególnych programach realizowanych przez PARP nie w pełni odpowiadało celom działalności przyjętym przez tę instytucję we własnych założeniach.
W ramach programów realizowanych przez PARP „Pożyczka na Innowacje”, „Bon na Innowacje” oraz „Duży Bon na Innowacje” oraz regionalnych programów pomocowych realizowanych przez Urzędy Marszałkowskie, cele określone w tych programach nie były w pełni zbieżne z celami określonymi w strategiach działania tych instytucji. Cele związane ze wspieraniem inwestycji opartych o najnowsze technologie lub rozwiązania biznesowe nie miały odzwierciedlenia w kryteriach wyboru projektów objętych dofinansowaniem. W dwóch regionalnych dokumentach strategicznych nie wskazano np. w ogóle źródeł finansowania celów operacyjnych, związanych z realizacją projektów innowacyjnych. W dwóch pozostałych, pomimo wskazania przykładowych źródeł finansowania, cele określone w tych dokumentach nie były zbieżne z celami określonym dla konkretnych działań RPO.
Kryteria wyboru projektów do dofinansowania nie zapewniały promocji najbardziej innowacyjnych projektów. Programy nie preferowały unikalnych produktów lub technologii w skali regionu, kraju lub świata, wprowadzanych do działalności gospodarczej. Nie zapewniały więc wypromowania produktu stanowiącego znak rozpoznawczy polskiej lub co najmniej regionalnej gospodarki ani wzrostu konkurencyjności zarówno w skali kraju jak i w skali danego regionu. W niedostatecznym stopniu brano pod uwagę elementy oceny dotyczące rodzaju i skali innowacji, jak też jej oddziaływania na konkurencyjność gospodarki.
