W pomieszczeniach czystych prawie każde uszkodzenie może prowadzić do skażenia maszyny, formy lub otoczenia. Dlatego prace konserwacyjne i remontowe na urządzeniach produkcyjnych, ale także na instalacjach klimatyzacyjnych i filtracyjnych muszą być przeprowadzane wyjątkowo precyzyjnie. W dokumentacji urządzeń oddawanej do dyspozycji użytkownika realizującego produkcję w pomieszczeniach czystych muszą być zamieszczone dokładne opisy wymagań dotyczących utrzymywania maszyn w odpowiednim stanie, wraz z opisami związanych z tym dodatkowych procesów oraz wszystkimi instrukcjami dotyczącymi zachowań personelu. Norma DIN EN ISO 14644 (pomieszczenia czyste i przynależne do nich obszary czyste) zawiera konkretne, wiążące postanowienia.
Rozróżnia się przy tym następujące przypadki: cała wtryskarka w pomieszczeniu czystym, tylko jednostka zamykania w czystej kabinie – stacjonarna lub ruchoma, jednostka zamykania w czystym namiocie, tylko moduł filtry-wentylatory nad obszarem formy
Pod względem techniki konserwacyjno-remontowej optymalne są maszyny, których jednostka zamykania może być przy pomocy rolek lub szyn usuwana z obszaru czystego w celu przeprowadzenia konserwacji.
Przy produkcji w pomieszczeniach czystych należy rozróżnić regularne prace konserwacyjne na maszynie i również regularnie przeprowadzane prace związane z czyszczeniem. Jeśli doszło do skażenia maszyny lub otoczenia, konieczne jest kosztowne czyszczenie kapitalne, które wyraźnie wydłuża przestój maszyny i znacznie podwyższa powstające koszty.
Warto jednak wiedzieć, że ten sposób postępowania nie jest zalecany dla zakładów produkujących w pomieszczeniach czystych. Z uwagi na wysokie koszty czyszczenia wszystkie konieczne inspekcje i konserwacje powinny być wykonywane wspólnie.
Zaleca się przeprowadzanie raz w roku kompletnej konserwacji przez producenta maszyny. Przy działaniach profilaktycznych na stanowiskach produkcyjnych w pomieszczeniach czystych oprócz konserwacji i inspekcji wtryskarek decydujące znaczenia ma czyszczenie i opróżnianie wtryskarek.