Pochodzące z recyclingu tworzywo PET jest dotykane przez wiele zanieczyszczeń biorących się ze źle zaprojektowanych opakowań PET, ale także z innych produktów opakowaniowych, które znalazły się w strumieniu odpadów opakowaniowych. Poniżej wyliczenia najczęstszych przyczyn, za sprawą których tworzywo RPET ulega zanieczyszczeniu.Na prawie każdym poddanym recyclingowi tworzywie PET znajdowane są tzw. czarne wtrącenia. Chociaż RPET jest filtrowany aż do bardzo wysokich poziomów degradowanych cząstek (60 – 80 mikronów), to jednak czarne wtrącenia rozpadają się i prowadzą do jego zanieczyszczenia. Ich powstawanie jest wynikiem źle dobranych komponentów używanych przy produkcji podstawowych opakowań PET, np. papierowych etykiet lub etykiet termokurczliwych PVC.
Rosnącym problemem są zanieczyszczenia od PLA. Surowiec ten jest bardzo trudny do zidentyfikowaniach w płatkach PET i tym samym podczas procesu wytłaczania zawsze będzie się oddzielać, powodując problemy na etapie podawania, ponieważ granulki z zanieczyszczeniem PLA będą stawać się lepkie. Kiedy tworzywo RPET jest przetwarzane na butelki, wówczas każda obecność zanieczyszczeń PLA może powodować kłopoty z powodu wywołanej krystaliczności. Obecnie na europejskich rynkach znajduje się już wiele butelek PLA, a PLA staje się coraz popularniejsze zwłaszcza w odniesieniu do termoformowanych opakowań. Tym samym jednak na rynku pojawia się więcej etykiet PLA, co będzie powodować problemy z recyclingiem butelek PET. Etykiety PLA lub termokurczliwe rękawy nie powinny być zatem używane wraz z opakowaniami PET.
Kolejnym problemem są zanieczyszczenia od PVC, które powodują czarne wtrącenia w tworzywie RPET, a także przebarwienia oraz spadek lepkości tworzywa.
Z tworzywem PET często mylone jest PETG. Od niego tez powstają zanieczyszczenia. Różnicą jest większą wytrzymałość stopu PETG niż ma to miejsce w przypadku PET. PETG jest często używane do produkcji słoików, może wywoływać problemy przy przetwórstwie. Tym samym więc należy unikać stosowania go, gdy jest to możliwe.
Takie materiały jak PS/OPS/HIPS często sprawiają problemy dla tworzywa RPET podczas ponownego przetwarzania. Ponadto tzw. zanieczyszczenia krzyżowe na linii PS/HIPS mogą skutkować dalszymi defektami w produkowanych z RPET opakowaniach. Wielu projektantów butelek PET wciąż jednak używa materiału OPS do produkcji etykiet dla opakowań PET lub też rękawów. Tymczasem te części, by uniknąć zanieczyszczeń, powinny być wykonywane z materiałów poliolefinowych.
Żółknięcia poddanego recyclingowi tworzywa PET wywoływane są zanieczyszczeniami pochodzącymi od kleju. Niektóre kleje mogą także wywoływać tworzenie się żeli i niejasności w RPET oraz produktach z niego wykonanych.
W poddanym recyklingowi tworzywie PET znajdowane są także aluminiowe zanieczyszczenia. Pochodzą one z dwóch źródeł: aluminiowych folii oraz cząstek biorących się z aluminiowych puszek. Zanieczyszczenia aluminiowe zazwyczaj są usuwane na etapie filtrowania, gdy jednak uda im się ominąć filtry stają się bardzo poważnym zanieczyszczeniem, które może prowadzić do całkowitego uszkodzenia produktu. Tak więc konieczne jest absolutne unikanie elementów aluminiowych w opakowaniach PET.
Sztuczne zabarwienia w RPET wywołują z kolei takie materiały jak barwiony PET oraz inne barwione tworzywa. Poziom przebarwień jest zwykle związany z typami zastosowanych kolorów i ilością kolorowych skażeń. Barwiony PET w wielu przypadkach będzie identyfikowany jako PET i tym samym zanieczyści czyste płatki butelkowego PET.
