Gminy mają również kłopot z określeniem właściwej liczby osób zobowiązanych do płacenia za gospodarowanie odpadami. Tę nieprawidłowość NIK wykryła w połowie kontrolowanych samorządów. Stwierdzono, że 234 właścicieli nieruchomości (4,4% badanych), nie złożyło deklaracji o wysokości opłaty za „wywóz śmieci”. Ustalenie tej liczby było możliwe na podstawie danych posiadanych przez gminy. W mieście i gminie Wiązów NIK zweryfikowała 199 nieruchomości. Kontrola wykazała, że właściciele 19 z nich, w tym czterech nowo powstałych, nie złożyli deklaracji. NIK zwraca uwagę, iż w niektórych gminach weryfikację obowiązku złożenia deklaracji opierano wyłącznie na danych zawartych w rejestrze meldunkowym oraz dostępnych ewidencjach nieruchomości i ludności. Nie sprawdzono, czy nieruchomość jest faktycznie zamieszkana i czy wytwarzane są tam odpady. NIK wskazuje, że celowe jest skorzystanie z kontroli straży miejskich czy pracowników gminnych odpowiedzialnych za gospodarkę odpadami. Istotna jest też współpraca z firmami, które odbierają odpady.
W prawie wszystkich kontrolowanych gminach, oprócz Warszawy i Łomży, wszczynano niezwłoczne postępowania wyjaśniające w przypadku niezłożenia deklaracji o wysokości opłaty za gospodarowanie odpadami lub wątpliwości co do zawartych w deklaracji danych. Niekiedy wystarczały pisemne upomnienia, w innych przypadkach gminy same, w drodze decyzji, wyznaczały wysokość opłaty. W Warszawie postępowania były wszczynane ze znaczną zwłoką, nawet po trzech latach po upłynięciu terminu na złożenie deklaracji (w przypadku jej braku) lub powzięcia wątpliwości co do danych w deklaracji złożonej. Niestety, także wszczęte postępowania aż do wydania decyzji prowadzono opieszale W Łomży natomiast postępowania wszczynano niezwłocznie, a opieszałość dotyczyła postępowań w celu wydania decyzji (trwały średnio 67 dni, a najdłuższe nawet 159 dni).
Najwyższa Izba Kontroli zwraca uwagę na wysokie zaległości z tytułu opłat za gospodarowanie odpadami. W 22 gminach objętych kontrolą kwota ta stale rosła i na koniec I półrocza 2017 r. wyniosła ponad 49 mln zł. Najwyższe zaległości mają duże miasta, w szczególności Wrocław i Warszawa (odpowiednio ponad 21 mln i ponad 12 mln). Jakkolwiek we Wrocławiu, dzięki skutecznym działaniom windykacyjnym, zaległości stale się zmniejszają, to np. w Warszawie problemem jest skuteczność takich działań. W dwóch warszawskich dzielnicach (Mokotów i Wawer) kontrola wykazała, że upomnienia do dłużników wysyłane były w terminach od 11 dni do ponad 4 lat od powstania zaległości. Tytuły wykonawcze wystawiano natomiast od 15 do nawet 878 dni od terminu zapłaty wskazanego w upomnieniu. Burmistrzowie usprawiedliwiali ten stan m.in. szczególną specyfiką opłat za gospodarowanie odpadami, znaczną liczbą kontrahentów w tych dzielnicach oraz brakami kadrowymi. Niemal powszechną i naganną praktyką, nie tylko w Warszawie ale i w innych gminach, było wysyłanie upomnień lub wystawianie tytułów wykonawczych zbiorczo, w określonych odstępach czasu (np. raz do roku lub raz na kwartał), zamiast bezpośrednio po powstaniu zaległości.
Zaniechania i zwłoka w ustalaniu podmiotów zobowiązanych do ponoszenia opłat oraz brak skuteczności w egzekwowaniu tych opłat, przyczyniły się do tego, że w większości kontrolowanych gmin nie bilansowały się koszty gospodarowania odpadami z przychodami z opłat za ich wywożenie, utylizację, recykling. A zgodnie z ustawą o utrzymaniu czystości system gospodarowania odpadami powinien być zbilansowany. W ocenie NIK, przejściowa nierównowaga może wystąpić nawet, gdy opłaty są dobrze skalkulowane, natomiast trwała nierównowaga może świadczyć o źle skalkulowanej stawce opłat. W takiej sytuacji gminy powinny przeprowadzać ponowna kalkulację nawet raz w roku.
